Zur Abstimmung der hochschulübergreifenden Entwicklungsplanungen von Digitalisierungsvorhaben und der Priorisierung der laufenden Digitalpaktprojekte ist ein Koordinierungsausschuss Digitalpakt eingerichtet. Er berät alle Anträge zur Förderung von Projekten im Rahmen des Digitalpaktes und nimmt dazu Stellung. Der Ausschuss setzt sich aus je einer Vertreterin oder einem Vertreter einer staatlichen Hochschule zusammen. Die Hochschulvertreterinnen und Hochschulvertreter handeln im Rahmen ihrer Präsidiumsvorgaben. Koordinatorinnen und Koordinatoren strategisch bedeutsamer Projekte können auch einen Sitz im Koordinierungsausschuss erhalten.
Über den Koordinierungsausschuss stimmen sich die Hochschulen im Rahmen des Digitalpaktes untereinander ab. Er nimmt nimmt die Fortschrittsberichte der einzelnen geförderten Projekte und Maßnahmen entgegen und hat damit regelmäßig Einblick in den Projektverlauf, die Mittelverwendung, die Budget- und die Personalentwicklung innerhalb der Projekte.
Das Ministerium für Wissenschaft und Kunst übernimmt in Abstimmungsprozessen zwischen den Hochschulen eine moderierende Rolle.